تحتل المناطق الجبلية ما يزيد عن 70% من أرض اليابان، وتتركز المدن الكبرى في السهول المتبقية التي تشكل أقل من 30% من المساحة. أما المدن التي يزيد عدد سكانها على مليون نسمة فهي: مدينة سابّورو في هوكايدو، مدينة سنداي في منطقة توهوكو، مدن كاواساكي وسايتاما وطوكيو ويوكوهاما في منطقة كانتو، مدينة ناغويا في منطقة تشوبو، مدن أوساكا وكيوتو وكوبي في منطقة كينكي، مدينة هيروشيما في منطقة تشوغوكو ومدينة فوكؤوكا في منطقة كيوشو. تعد العاصمة طوكيو، بلا شك، المدينة الأهم في اليابان. وتقوم المدن الأخرى بدور المحاور السياسية والاقتصادية والثقافية في مناطقها.
